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如果苹果手机上的短信已经被永久删除，恢复起来可能会有些困难，但并非完全不可能。以下是一些可以尝试的方法。
1、iTunes备份恢复：如果之前有使用iTunes备份过手机数据，那么可以在iTunes中恢复备份以找回删除的短信。
2、iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份，并且备份包含了短信数据，那么可以通过iCloud备份恢复已删除的短信。
3、使用第三方软件恢复：有一些第三方软件可以帮助恢复已删除的短信，例如EaseUS MobiSaver等，这些软件可以通过扫描手机或iTunes备份来恢复数据，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，因此在使用之前请确保软件的可靠性。
4、直接从运营商处恢复：有时运营商可能会保留短信记录，可以尝试联系手机运营商，询问他们是否可以恢复已删除的短信，但这通常需要一定的时间和努力，并且可能不是所有运营商都愿意或能够这样做。
越早采取行动，恢复已删除的数据的机会就越大，如果数据已经丢失了一段时间，那么恢复的可能性就会降低，为了避免数据丢失的风险，建议定期备份手机数据。
方法仅供参考，如果仍然无法恢复短信，建议寻求专业技术人员的帮助，使用任何方法恢复数据时，请确保操作的合法性和正当性，避免触犯相关法律规定。